Coral Atlas Japan

本アトラスにアクセスしていただきますと[Home]ページ画面が現れます。この画面の上方に[Home]、[利用の手引き]、[環境DNAとは]、[琉球列島サンゴ環境DNAアトラス]、[準深海サンゴ環境DNA]、[琉球列島サンゴ写真集]の6つの項目があります。
まず、[Home]のページにこのアトラスの目的と概要を簡単に述べています。サンゴ研究では、スキューバダイビングなどによる目視観察が主たる調査手法ですが、その限界を補う手法として環境DNAメタバーコーディング法（eDNA-M）が開発され、実用化されています。本アトラスでは、その成果として琉球列島のサンゴ環境DNAデータを公開しています。また、サンゴという動物がサンゴ礁を作り出すという特異な能力や、サンゴ礁が海の生物の約30％に生息場所を提供し、小型魚類、棘皮動物、甲殻類など多様な生物とともに非常に複雑な生態系（coral reef ecosystem）を形成していることを紹介しています。さらに、サンゴ礁が生物多様性に富む場であるだけでなく、水産業や観光、地域文化とも深く関わり、人間社会に多くの恵みをもたらしている点についても説明しています。
[利用の手引き]（本ページ）では、このアトラスの活用方法と利用上の注意について説明しています。内容は、実際の使い方と利用規約の二つの部分から構成されています。 [琉球列島サンゴ環境DNAアトラス] [準深海サンゴ環境DNA] [琉球列島サンゴ写真集]を利用する際には、事前にこの[利用の手引き]を確認してください。
次の[琉球列島サンゴ環境DNAアトラス]をクリックしますと、まずこれまでに準備が完了し公開できる島々が表示されています。（2026年7月現在は12島です）
順番に閲覧することもできますし、興味のある島から閲覧することもできます。例えば「（１）沖縄島とその周辺諸島」を選択すると、その地域の詳細なデータをご覧いただけます。「（１）沖縄島とその周辺諸島」では、まず初めに沖縄島の概要を説明し、その下に沖縄島の地図の上に環境DNAを調査した地点（サイト）が番号で印されています。この沖縄島の調査は2021-2022年に、環境省モニタリングサイト1000プロジェクトサンゴ礁調査の目視直接観察作業と同時に行いました。１カ所（サイト29）だけ波が高く表面海水を採水できなかったので、環境DNAは62カ所, 目視は63カ所になっています。つまり沖縄島(沖縄本島)では62箇所の観察サイトのデータがあり、1から62までの観察サイト番号をクリックすると、そのサイトでのデータが得られます。 例えばサイト14をクリックしますと、ここは伊計島東礁斜面です。まず航空写真でおおよその場所を示し、その下に環境DNA解析で検出割合の高かった上位10属のサンゴ属を示しています。優占度はサンゴに由来するDNA配列のうち、特定の属が何%を占めるかを算出したものです。ここではコモンサンゴが優占属で全体の６割を占め、次にミドリイシの仲間が20%を占めることがわかります。そして、同地点の採水した年のサンゴ礁景観写真（この例では2023年撮影）をできるだけ多く載せてあります。最後の島全体の地図写真ではこの島で最も優占する属がどのように分布しているか、地図上で示しています。本島西海岸の恩納村沿岸ではミドリイシの仲間が多いことが分かります。さらにその下には「ノート」として、研究者がデータを見て気づいたことや興味深いと感じた点を紹介しています。
表: 日本産有藻性イシサンゴ目84属。オガサワラサンゴ属（Boninastrea 下線）を除く83属の解析を行なっています。

本アトラスでは、日本産有藻性イシサンゴ目83属を対象として環境DNA解析を行っています。対象属は、日本産有藻性サンゴ類WEB図鑑にある「日本産有藻性イシサンゴ目分類体系の新旧比較」に掲載されている84属を基準としていますが、このうちオガサワラサンゴ属（Boninastrea）は現在用いられている主要な分類体系に含まれないと思われますので、本アトラスの解析対象から除外しています。
一部のサンゴ属は互いによく似た近縁なグループであり、今回解析に用いたDNA領域では全く同じ配列を持っています。そのため、環境DNA解析ではこれらの属を区別することができません。本アトラスにおいて属レベルで区別できない組み合わせは、以下のとおりです。

Anacropora (トゲミドリイシ属) / Montipora (コモンサンゴ属)
Gardineroseris (ヒラフキサンゴ属) / Leptoseris (センベイサンゴ属) / Pavona (シコロサンゴ属)
Duncanopsammia (和名なし) / Turbinaria (スリバチサンゴ属)
Ctenactis (トゲクサビライシ属) / Polyphyllia (イシナマコ属)
Danafungia (ナミトゲクサビライシ属) / Lithophyllon (カワラサンゴ属)
Herpolitha (キュウリイシ属) / Podabacia (ヤエヤマカワラサンゴ属) / Sandalolitha (ヘルメットイシ属)
Homophyllia (オオトゲキクメイシ属) / Micromussa (コオオトゲキクメイシ属)
Caulastraea (和名なし) / Oulophyllia (オオナガレサンゴ属)
Coelastrea (パリカメノコキクメイシ属) / Dipsastraea (キクメイシ属)
Goniastrea (コカメノコキクメイシ属) / Merulina (サザナミサンゴ属)
Leptoria (ナガレサンゴ属) / Platygyra (ノウサンゴ属)
Mycedium (ウスカミサンゴ属) / Pectinia (スジウミバラ属) / Physophyllia (ウミバラ属)
環境DNAのデータについては、それぞれのサイトの情報をダウンロードし各自の目的にそってお使いいただけます。
例えば島全体でのデータを使って解析などを行う場合は、あらかじめ沖縄科学技術大学院大学マリンゲノミックスユニットに連絡をお願いいたします。

利用の手引き

本アトラスの目的と利用法